В приведённом коде нет ссылки или кнопки вызова модального окна.

попробуйте переместить сам вызов в шаблон index.tpl

- попробуйте для начала заключить тег в более простую конструкцию, типа `div` блоков, посмотрите что происходит.

- откройте отладчик в браузере (сейчас есть в любом современном он есть), посмотрите содержимое блока через него, возможно тег парсится, но содержимое не отображается по каким-либо причинам, например из за стилей в CSS или работы другого плагина.

<div id="modal2" class="modal hide fade">
        <div class="modal-header">
            <h2>Поиск</h2>
        </div>
        <div class="modal-body">
          {PROJECTS_SEARCH}
        </div>
        <div class="modal-footer">
            <button class="btn" data-dismiss="modal" aria-hidden="true">{PHP.L.Close}</button>
        </div>
    </div>

Код   index.tpl

<!-- BEGIN: MAIN -->

<div class="row">
    <div class="span12">
        <!-- IF {PHP.cot_plugins_active.paytop} -->
        {PHP|cot_get_paytop ('top')}
        <!-- ENDIF -->    
    </div>
</div>
<div class="row">
    <div class="span3">
     
        <div class="well well-small">{PROJECTS_CATALOG}</div>
         <!-- IF {PHP.cot_plugins_active.userpoints} -->
        <h4 class="mboxHD">{PHP.L.userpoints_topfreelancers}</h4>
        {PHP|cot_get_topusers (4, 5)}
        <br/>
        <br/>
        <h4 class="mboxHD">{PHP.L.userpoints_topemployers}</h4>
        {PHP|cot_get_topusers (7, 5)}    
       <!-- ENDIF -->
        <!-- IF {INDEX_NEWS} -->
        <br/>
        <br/>
        <div class="block">
            {INDEX_NEWS}
        </div>
        <!-- ENDIF -->
    </div>
    <div class="span9">


  

<div id="modal2" class="modal hide fade">
        <div class="modal-header">
            <h2>Поиск</h2>
        </div>
        <div class="modal-body">
          {PROJECTS_SEARCH}
        </div>
        <div class="modal-footer">
            <button class="btn" data-dismiss="modal" aria-hidden="true">{PHP.L.Close}</button>
        </div>
    </div>

         <!-- IF {PHP.cot_plugins_active.paypro} -->
          <!-- IF !{PHP|cot_getuserpro()} AND {PHP.cfg.plugin.paypro.projectslimit} > 0 AND {PHP.cfg.plugin.paypro.projectslimit} <= {PHP.usr.id|cot_getcountprjofuser($this)} -->
            <div class="alert alert-warning">{PHP.L.paypro_warning_projectslimit_empty}</div>
            <!-- ENDIF -->
            <!-- IF !{PHP|cot_getuserpro()} AND {PHP.cfg.plugin.paypro.offerslimit} > 0 AND {PHP.cfg.plugin.paypro.offerslimit} <= {PHP.usr.id|cot_getcountoffersofuser($this)} -->
            <div class="alert alert-warning">{PHP.L.paypro_warning_offerslimit_empty}</div>
            <!-- ENDIF -->
        <!-- ENDIF -->
                {PROJECTS}
    </div>

</div>
    <!-- END: MAIN -->

Рискну предположить, что тег `{PROJECTS_SEARCH}` генерируется строго в определенной части шаблона (в заголовке, подвале или главной). Т.е. обработчик тега может вызываться через хук из соотв. части (header.php, footer.php, …). Как только вы его переносите в другую часть, тег перестает обрабатыватся.
Если это так, то один из вариантов — перенести код модального окна в ту часть где обычно находится тег.

Этот тэг стоит в index.tpl.Переносил код модального окна в этот файл в место где стоит тэг {PROJECTS_SEARCH} ничего не происходит. 

Скачал и установил Фриланс-биржу 2.6.9. Редактирую дизайн под себя. Хочу убрать с главной страницы поиск проектов в модалное окно. Но при переносе тега {PROJECTS_SEARCH} в код всплывающего окна, ничего не происходит. Подскажите куда смотреть?