Как и на этом сайте: https://www.cotonti.com/sitemap.xml

Попробую разобраться. Вот только как то надо у себя это дело воспроизвести.

У меня одного в версии Cotonti 0.9.21, в sitemap отображаются URL без ЧПУ?

Url editor включен. (удобный).