Тут лучше добавить параметр с названием темы при вызове rc.php, чтобы файлы global.* фомировались для каждой темы отдельно.
А я про что? Для каждой темы свой файл, напр. global_[ИМЯ_ТЕМЫ].*
Кстати, а как сейчас движок определает какие консолидированные данные отдавать пользователю, если он сменил тему оформления?
По моему - никак. Html разметка меняется, а global.* остается прежним