Подозреваю(но не уверен),  что отвались тогда, когда обновил движок с последний мастер версии на github.

Возможно, так как в Cotonti был очень неприятный баг - дубли не отдавали 404 во многих местах, почитайте:

https://github.com/Cotonti/Cotonti/issues/1441

https://github.com/Cotonti/Cotonti/issues/1611

Проблема уже закрыта:

https://github.com/Cotonti/Cotonti/pull/1625

Поэтому обработка ЧПУ стала строже.

Добавлено 5 минут спустя:

Как проверить что проблема не в Cotonti а в некорректном ЧПУ:

На тестовом сервере отключаете Url Editor, закомментируйте при необходимости в .htaccess свои выражения и проверьте пути. Если кириллические алиасы (созданные в движке) работают, значит корректируйте свои конструкции редиректов.

Подскажите пожалуйста с чем может быть связано то, что перестали рабоать ЧПУ с кириллецей, раньше все было отлично, но теперь отвалились урлы, выдают 404 ошибку.

Мой .htaccess

################ Cotonti Handy URLs for Apache #######################
 
# Below are the rules to be included in your main .htaccess file or httpd.conf
 
# Rewrite engine options
Options -Indexes
RewriteEngine On
RewriteCond %{HTTPS} !=on
RewriteCond %{HTTP:X-Forwarded-Proto} !https
RewriteRule ^(.*)$ https://%{HTTP_HOST}%{REQUEST_URI} [L,R=301]
# C без www на www
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^([^www].*)$
RewriteRule ^(.*)$ https://www.%1/$1 [L,R=301]
 
# Server-relative path to Cotonti. Replace it with your path if you run Cotonti
# in a subfolder
RewriteBase "/"
 
# Language selector
RewriteRule ^(en|ru|de|nl)/(.*) $2?l=$1 [QSA,NC,NE]
 
# Sitemap shortcut
RewriteRule ^sitemap\.xml$ index.php?r=sitemap [L]
 
# Admin area and message are special scripts
RewriteRule ^admin/([a-z0-9]+) admin.php?m=$1 [QSA,NC,NE,L]
RewriteRule ^(admin|login|message)(/|\?|$) $1.php [QSA,NC,NE,L]
 
# users
RewriteRule ^employers/?$ index.php?e=users&group=employer [QSA,NC,NE,L]
RewriteRule ^freelancers/?$ index.php?e=users&group=freelancer [QSA,NC,NE,L]
RewriteRule ^employers/([a-zA-Z0-9_./%-]+)/?$ index.php?e=users&group=employer&cat=$1 [QSA,NC,NE,L]
RewriteRule ^freelancers/([a-zA-Z0-9_./%-]+)/?$ index.php?e=users&group=freelancer&cat=$1 [QSA,NC,NE,L]
 
# forums
RewriteRule ^forums/([a-zA-Z0-9_./%-]+)/topic([0-9]+)/page([0-9]+)?$ index.php?e=forums&m=posts&q=$2&d=$3 [QSA,NC,NE,L]
RewriteRule ^forums/([a-zA-Z0-9_./%-]+)/topic([0-9]+)?$ index.php?e=forums&m=posts&q=$2 [QSA,NC,NE,L]
RewriteRule ^forums/([a-zA-Z0-9_./%-]+)/post([0-9]+)?$ index.php?e=forums&m=posts&id=$2 [QSA,NC,NE,L]
RewriteRule ^forums/([a-zA-Z0-9_./%-]+)/([a-zA-Z0-9_%-]+)/page([0-9]+)?$ index.php?e=forums&m=topics&s=$2&d=$3 [QSA,NC,NE,L]
RewriteRule ^forums/([a-zA-Z0-9_./%-]+)/([a-zA-Z0-9_%-]+)/?$ index.php?e=forums&m=topics&s=$2 [QSA,NC,NE,L]
RewriteRule ^forums/([a-zA-Z0-9_%-]+)/?$ index.php?e=forums&c=$1 [QSA,NC,NE,L]
RewriteRule ^forums/?$ index.php?e=forums [QSA,NC,NE,L]
 
# System category has priority over /system folder
RewriteRule ^system/?$  index.php?rwr=system [QSA,NC,NE,L]
 
# All the rest goes through standard rewrite gateway
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.*) index.php?rwr=$1 [QSA,NC,NE,L]

Подозреваю(но не уверен),  что отвались тогда, когда обновил движок с последний мастер версии на github.

Добавлено 2 часа спустя:

Решил проблему ьем, что включил транслетирацию и пересоздал урлы