точнее, ссылка не верна

Правильная ссылка

Добавлено 2 минуты спустя:

А в каком именно разделе документации вы выложили описание?

По поводу слобой индексации тут причины могут быть разные но уверен что данный вопрос стоит решать с техподдержкой биржи (хотя бы для того что бы выяснить в чем причина). Да и сайтмап неясно какой, и о каком коте идет речь - сиена или генуа.

ПыСы. Сайтмап тоже не более 1200 ссылок видит.

Добавлено 8 часа спустя:

Может и по сапе выложете работающий код?

$uni_link_out .= $link.'<br>';

и в шаблон знач по аналогии выводим с помощью 

{PHP.uni_link_out}

Добавлено 23 минуты спустя:

А и забыл, для верности в таком случае еще перед foreach нада прописать инициализацию пустой переменной ... тогда этот кусок вот таким будет

....
$uni_link_out = '';
foreach($links as $link){
$uni_link_out .= $link.'<br>';
...

<?php
require_once($_SERVER['DOCUMENT_ROOT'].'/uniplacer_config.php');
require_once($_SERVER['DOCUMENT_ROOT'].'/'._UNIPLACE_USER_.'/uniplacer.php');

$Uniplacer = new Uniplacer(_UNIPLACE_USER_);
$Uniplacer->GetCode();
$links = $Uniplacer->GetLinks();

if($links){
foreach($links as $link){
echo $link.'<br>';
}
}
?>

Идете ищите php файл вашей темы (скина, в зависимости что у вас генуя или сиена ... в коробке сиены например - /themes/nemesis/nemesis.php ) и вставляете практически тоже самое что вы написали (echo только заменили на $trust_link_out = ), и в итоге если этот файл был без ваших правок тогда вот такое должно получится, например, в нем:

<?php
/* ====================
[BEGIN_COT_THEME]
Name=Nemesis ver. 1.00
Schemes=default:Default
[END_COT_THEME]
==================== */

/**
* Cotonti Model Theme
*
* @package Cotonti
* @version 0.9.0
* @author Cotonti Team
* @copyright (c) Seditio.by 2010
* @license BSD
*/

defined('COT_CODE') or die('Wrong URL');

define('TRUSTLINK_USER', 'ВАШ_КОД');
require_once($_SERVER['DOCUMENT_ROOT'].'/'.TRUSTLINK_USER.'/trusttrustlink.php');
$o['charset'] = 'cp1251';//кодировка сайта
$trustlink = new TrustlinkClient($o);
unset($o);
$trust_link_out = $trustlink->build_links();

Ну а потом в нужном вам месте в шаблоне  (как правило это в подвале, а значит в /themes/nemesis/footer.tpl но может быть и в другом шаблоне) вставляете вот такое

{PHP.trust_link_out}

Все

<?php
define('TRUSTLINK_USER', 'ВАШ_КОД');
require_once($_SERVER['DOCUMENT_ROOT'].'/'.TRUSTLINK_USER.'/trusttrustlink.php');
$o['charset'] = 'cp1251';//кодировка сайта
$trustlink = new TrustlinkClient($o);
unset($o);
echo $trustlink->build_links();
?>
Установка кодировки:
var $tl_charset = false;
Защита от псевдопараметров:
При запросах вида http://mysite.ru/index.html?a=1&... не будут учитываться параметры и для страницы index.html всегда будут отдаваться ее сссылки. Для защиты всего сайта замените в скрипте trusttrustlink.php:
var $tl_is_static = false;
на:
var $tl_is_static = true;
Если хотите включить защиту на конкретной странице в основном блоке замените:
$trustlink = new TrustlinkClient();
на:
$trustlink = new TrustlinkClient(array('is_static'=>true));