Можно ли изменить стандартную ф-ию в теме, не изменяя системных файлов?
нет.
Поясню на примере:
Необходимо изменить ф-ю cot_parse_autourls(), при этом не внося изменения в functions.php (думаю понятно почему). Например, переменные можно изменить в теме с помощью $theme_reload.
В зависимости от того, какая цель стоит. Возможно есть какой-либо обходной манёвр.
