1. Если кратко — это стандартное поведение «urleditor» c пресетом «handy» при обработке путей к страницам с вложенностью более 2-х — он проверяет не весь путь полностью, а только начало и конец, и то только на наличие в структуре категорий, но не на вложенность. Т.е. если у нас структура примерно такая:

   с1→с11→с111 → страница p1
    \→с12→с121

   То сработает любое: 
      с1/c11/c111/p1
      с1/c111/p1
      c111/p1
      c12/c111/p1
      с1/все/что/угодно/с/любой/вложенностью/c111/p1
2. Частично такой расклад компенсирует наличие на всех копиях единого `canonical url` в котором правильно указан полный путь.

Делаю сейчас свой модуль на основе page. Посмотрел какое отдаётся значение функцией cot_url_catpath(). В принципе, оно не влияет на проблему дублей, так как отдаёт строку из входящих параметров $c, $al, $id, а не из полного uri. Добавление дубля в пути при вызове не передаётся в функцию cot_url_catpath(), например такой тест:

Есть категория test, с подкатегорией test-one, сначала пробуем вызвать дубли:

• /test/test-one - канонический
• /test/test/test-one - дубль, но работает
• /test/test/test/test-one - дубль, но работает
• /test/test/test/test/test-one - дубль, но работает
• /test/test/test/test/test/test-one - дубль, но работает
• /test/test/test/test/test/test/test-one - дубль, но работает
• /test/test/test/test/test/test/test/test-one - дубль, но работает
• /test/test/test/test/test/test/test/test/test-one - дубль, но работает

Дальше не смотрел, но дубли бесконечные. При этом функция cot_url_catpath() выдаёт неизменное значение test/test-one, не реагируя на дубли!

Протестировал на рабочем сайте, работает. Предложил правку в ветку.

Но все же настоятельно рекомендую, как-нибудь потренироваться, и сделать это самому, т.к. навык может пригодится не только при работе с Котонти (сейчас многие разработки на ГитХабе). 
Процесс-то не сложный, зарегистрирвоаться, войти и нажать кнопку «new issue». Ввести описание хотя бы пару слов и дать ссылку на форум, если тут это обсуждалось. Вот и все.
(можно на русском. Если надо поправим, дополним, спросим).

Может стоит сделать полную обработку урла?

Думаю стоит открыть заявку на ГитХабе. А там уж как пойдет.

Может стоит сделать полную обработку урла?

https://www.cotonti.com/extensions/new-registered-user-email

https://www.cotonti.com/new-registered-user-email

По аналогий, у меня открывает одну и туже страницу, что в htaccess изменить что бы работало как и здесь?

Итак, протестировал и освежил в памяти — рассказываю:

1. Если кратко — это стандартное поведение «urleditor» c пресетом «handy» при обработке путей к страницам с вложенностью более 2-х — он проверяет не весь путь полностью, а только начало и конец, и то только на наличие в структуре категорий, но не на вложенность. Т.е. если у нас структура примерно такая:

   с1→с11→с111 → страница p1
    \→с12→с121

   То сработает любое: 
      с1/c11/c111/p1
      с1/c111/p1
      c111/p1
      c12/c111/p1
      с1/все/что/угодно/с/любой/вложенностью/c111/p1
    За такое поведение отвечают примерно вот этот кусок.
2. Частично такой расклад компенсирует наличие на всех копиях единого `canonical url` в котором правильно указан полный путь.
3. Отвечая на вопрос почему здесь на сайте местами это работает по другому — потому, что здесь работают специально прописанные правила («custom urltrans,dat») + под них написаны свои ф-и обработчики.
4. Отвечая на первый вопрос, как изменить в .htaccess. Короткий ответ — никак. Вариант, когда всю структуру мы жестко прописываем в .htaccess я не рассматриваю, как не жизниспособную.

Проверил у себя - такого нет, но я не использую вложенные категории, возможно именно в этом и кроется баг :)))

Добавлено 50 минут спустя:

site.ru/system/name - открывает эту страницу :)

Добавлено 21 минута спустя:

Что-то смотрю другие сайты на коте, у многих такая шляпа, только они не в курсе похоже :)

1. http://estetic-b.ru/uslugi/meditsinskaya_kosmetologiya/bezoperacionnaya_bleforoplastika
2. http://estetic-b.ru/meditsinskaya_kosmetologiya/bezoperacionnaya_bleforoplastika
3. http://zhenshen.biz/shop/zhenshen/kupit-zhenshen-v-kapsulah
4. http://zhenshen.biz/zhenshen/kupit-zhenshen-v-kapsulah
5. http://foto.krasnodar.su/photo/fotosessii/fotosessiya-na-den-vsex-vlyublennyx-14-fevralya
6. http://foto.krasnodar.su/fotosessii/fotosessiya-na-den-vsex-vlyublennyx-14-fevralya

Добавлено 1 минута спустя:

Опана:

• https://www.cotonti.com/news/community/cookielaw
• https://www.cotonti.com/community/cookielaw

Я просто понял, что речь именно о том, что один и тот же материал доступен по разным адресам.

Chiaroscuro

Странно как-то. Проект на самом сервере или на виртуальном?

Версия PHP какая?

2Denisbox: речь идет об установленном расширении «new-registered-user-email».
2Chiaroscuro: включен urleditor? Пресет handy?  .htaccess из «sef-urls.htaccess» ?

дело не в расширении, а в обработки пути

1. urleditor включен
2. Пресет Удобный
3. .htaccess из «sef-urls.htaccess»

site.ru/1/2/3/name,site.ru/1/3/name,site.ru/name открывает одну и туже страницу.

А не может быть у вас задвоенной публикации?

Что будет если в адресной строке набрать по аналогии: https://www.cotonti.com/system/new-registered-user-email?

Первый УРЛ - материал находится в категории /extensions/, а во втором случае материал находится в категории /system/

Вы ничего не путаете?

Версия движка у вас какая?

https://www.cotonti.com/new-registered-user-email

По аналогий, у меня открывает одну и туже страницу, что в htaccess изменить что бы работало как и здесь?