#41246 Macik:
Есть подозрение, что просто забыли добавить обработку порта по умолчанию, как сделано для 80-го для HTTP:
$sys['port'] = empty($url['port']) || $_SERVER['SERVER_PORT'] == 80 ? '' : $url['port'];
А что касается самого Canonical, то это отдельная боль, как решить которую у меня пока нет однозначных идей.
Да, у себя так и сделал, дописал условие для 443 порта.