favicon.ico a unique identifier of the site. This is not identifier of the skin. I do not agree with this idea.
favicon.ico - это уникальный графический идентификатор сайта. Служит он не для красоты, а для облегчения поиска вашего сайта в закладках юзера. Глупо и неправильно его менять в каждом скине.