- Версию ядра можно увидеть на главной странице админки
- Проверил на локальной машине последнюю RC1 версию — никаких портов не вылазит.
- Порты по умолчанию (80 для HTTP и 443 для HTTPS) отбрасываются (не отображаются системой в путях). Другие номера портов (указанные в `$cfg['mainurl']` или полученные от сервера через переменную `$_SERVER['SERVER_PORT']`) указываются в путях явно. Эта логика справедлива для последних версий, поэтому см. сл. пункт.
- Посмотрите внимательно вот эту (закрытую) заявку №1474, возможно она затрагивает ваш случай.
Подытоживая указанные пункты могу предположить, что сервер у вас настроен таким образом, что отдает HTTPS трафик по 80-му порту, что отражается в переменной `$_SERVER['SERVER_PORT']` и соответственно попадает в некоторые URL.