Это не тривиальная задача. Сам не решал, но послать — пошлю в нужном направлении...
- субдомен должен быть настроен у хостера и ссылаться на туже папку, что и основной
- должен быть настроен .htaccess (что-то типа этого, но не проверял)
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^admin.site.com$ [NC]
RewriteRule ^(.*)$ admin/$1 [QSA,NC,NE]
- включить мультидомены ($cfg['multihost'] = TRUE;), и проверить, что при вызове админки, в переменную $cfg['main_url'] попадает 'http://admin.site.com' и соотв. внутренние переменные типа `$sys['domain']`, `$sys['host']` тоже указывают на поддомен. (я не помню работал ли полностью корректно мультидомен)