// Определяем константу, говорящую, что мы выполняем код Cotonti
define('COT_CODE', true);

// Загружаем конфиг
require_once './datas/config.php';

// Загружаем ядро (Core API)
require_once $cfg['system_dir'] . '/functions.php';

// Шаблонизатор можно не грузить
// require_once $cfg['system_dir'] . '/cotemplate.php';

// Грузим код инициализации системы 
require_once $cfg['system_dir'] . '/common.php';

// после этой строки можно вставлять произвольный код
// например вывести ID текущего пользователя (мы в системе как гость, ID=0)
echo $usr['id'].PHP_EOL;

// еще пример
echo 'Общее число зарегистриированных пользователей: ' . $db->countRows(cot::$db->users);

Если надо подключить вторую базу: 

$second_db = new CotDB('mysql:host=localhost;dbname=my_db', 'user_name', 'user_password');

Ну и не забываем про нюансы — кодировку используемую в консоли. Если под Windows  то там cp866, если под *nix, то зависит от настроек (может быть UTF8). Поэтому либо скрипт сразу создаем в нужной кодировке, либо в UTF-8 и перед выводом используем `iconv()`. Иначе русских символов рискуем не увидеть.

 

Например, скульным запросом берутся данные из одной базы, и запихиваются в базу cot, но методами самой Cotonti.