Тут есть такой философский момент: сохранять ли старые данные при переустановке модулей? Именно переустановке, а не обновлении (см. недавний топик про обновление). Если лучше сохранять, то DROP всё испортит, а если не сохранять, то DROP очень даже нужен.

А как переустановка конкретного модуля связана с главным SQL файлом - install.sql (я писал именно про него) ? 

Если я правильно понимаю, при переустановке модуля используются файлы из setup каталога, который находится в папке модуля. Там, на мой взгяд, правильная конструкция 'CREATE TABLE IF NOT EXISTS'.

Если отвечать на конкретный вопрос - да, данные однозначно оставлять.

я даже не помню, когда последний раз на каком-либо из сайтов я переустанавливал бы движок полностью - "с нуля"...

может, я не прав...

CREATE TABLE `cot_sometable` ();

на

DROP TABLE IF EXISTS `cot_sometable`;
CREATE TABLE `cot_sometable` ();

Т.е. удалять старые таблицы при установке с нуля. 

Это позволит быстро переустановить движок (сбросить все настройки «в ноль»), простым удалением config.php и запуском install.php. без необходимости заходить в PMA и в ручную удалять таблицы.

Сейчас такой прием, естественно, вылетает на ошибке.