В общем вот ответ от Хостера:
К сожалению, на текущий момент действительно имеются проблемы с загрузкой файлов, с помощью скриптов сайта. Данная ситуация была передана в отдел системного администрирования. Примерные сроки решения 9.09.2013.
Приносим свои извинения за доставленные неудобства.
Кстати вопрос, чтобы не создавать похожую тему, для чего эти чекбоксы в файловом архиве:
